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Nach dem Auschecken ist die letzte Zeile 'rebase = true' für den Branch 'master' nicht gesetzt. Sie sollte aber gesetzt sein. Bitte fügt daher alle diese Zeile in der Datei <repository>/.git/config hinzu. Der Abschnitt sollte dann insgesamt wie folgt aussehen:

[branch "master"]
        remote = origin
        merge = refs/heads/master
        rebase = true

Weitere Informationen in [http://stackoverflow.com/questions/11955305/what-is-the-meaning-of-pull-strategy-when-creating-a-branch-with-egit].